وی در سال های پس از انقلاب از جانب مردم زادگاهش شبستر برای نمایندگی در مجلس شورای اسلامی انتخاب شد. اما پس از اتمام دوره ی اول مجلس، از سیاست دست شُست و پس از آن، بیشتر به تدریس در دانشکده الهیات دانشگاه تهران و ادامه ی مطالعات شخصی‌اش پرداخت. در همان سال‌ها وزارت علوم جمهوری اسلامی ایران از وی دعوت کرد عضویت هیأت علمی دانشگاه تهران را بپذیرد. وی با استقبال از این دعوت در دانشکده الهیات و معارف اسلامی، گروه فلسفه و کلام اسلامی مشغول تدریس شد و سپس به گروه ادیان و عرفان همان دانشکده انتقال یافت. در سال های بعد، وی به رتبه ی دانشیاری و سپس رتبه ی «استاد تمام» ارتقاء یافت. او در دانشکده ی الهیات، سال های متمادی در رشته‌های کلام تطبیقی، تاریخ ادیان تطبیقی و عرفان تطبیقی (یهودیت، مسیحیت، اسلام، بودیسم و هندوئیسم) در مقطع کارشناسی ارشد و دکتری تدریس کرد. در سال های بعد، کتاب ها و مقالات متعددی در این باب نوشته شد. آراء وی نیز مورد مخالفت‌ها و موافقت‌های زیاد قرار گرفت امّا بالاخره هرمنوتیک جدید، جای خود را در ادبیات دینی معاصر ایران باز کرد. وی تحقیقات و مباحث خود را برای روشن‌تر ساختن نظریاتی که مطرح کرده بود همچنان ادامه داد و در سال های پسین کتاب های«ایمان و آزادی»، «نقدی بر قرائت رسمی از دین»و «تأملاتی در قرائت انسانی از دین» را منتشر کرد که هر کدام از آنها به گونه‌ای به همان مسئله پرداخته‌اند.
وی در بیست سال اخیر ارتباط علمی و فلسفی خود با جهان غرب را همواره حفظ کرده و در سمینارها و کنفرانس‌های بین‌المللی متعدد که به مباحث الهیات تطبیقی و یا گفتگوهای میان ادیان مرتبط است شرکت نموده و در آنها سخنرانی کرده است. مجتهد شبستری در ? سال اخیر بنا به دعوت دانشگاه وین (اتریش) و دانشگاه بن (آلمان) نظرات خود در باب نسبت متون دینی اسلام با هرمنوتیک جدید و نسبت اسلام، دموکراسی و حقوق بشر را برای دانشجویان رشته‌های اسلام‌شناسی و حقوق آن دانشگاه‌ها به صورت درس گفتارهای فشرده (Vorlesung) تدریس کرده است. از وی مقالات متعددی به زبان‌های آلمانی و عربی در مجله‌های تخصصی اروپایی و عربی منتشر شده است. صاحب‌نظران متعددی مقالات او را به آلمانی و انگلیسی و عربی و ترکی، ترجمه و منتشر کردند و یا بر افکار او نقد نوشته‌اند. بیشتر این مقالات را می‌توان در سایت‌های اینترنتی به دست آورد.
در سال ???? با اینکه ?? سال بیشتر از خدمت رسمی مجتهد شبستری در دانشگاه تهران سپری نشده بود و او تنها استاد تمام گروه ادیان و عرفان دانشکده? الهیات دانشگاه تهران بود و گروه آموزشی نیاز مبرم به حضور او را اعلام کرده بود، وی مشمول بازنشستگی اجباری شد. پس از بازنشستگی، دو دانشگاه از آلمان و اتریش جهت تدریس از وی دعوت به عمل آوردند ولی او به علت وضعیت نامساعد مزاجی، آن دعوت‌ها را نپذیرفت. در سال ???? آخرین نظریات وی در باب هرمنوتیک متون دینی اسلامی «قرآن» به صورت یک مقاله ی مفصل با عنوان «قرائت نبوی از جهان» و یک مصاحبه با عنوان «هرمنوتیک، تفسیر دینی جهان» در شماره? ? فصلنامه? مدرسه منتشر شد که مخالفت ها و موافقت‌های دامنه‌داری را برانگیخت. در این مقاله و مصاحبه برای اولین بار وی این نظر را مطرح کرد که قرآن کریم، «کلام نبویِ» پیامبر اسلام است و محصول وحی است و نه خود وحی. بحث ها و چالش های انگیخته شده پیرامون این نظریه، همچنان ادامه دارد. بسیاری آن مقاله را موجب توقیف نشریه مدرسه می‌دانند.
نظرات مجتهد شبستری در باب این موضوع در مقالات «قرائت نبوی از جهان» شماره? ?، ?، ?، ?، ? در سایت اینترنتی دائرة المعارف بزرگ اسلامی منتشر شده است. وی از آغاز تأسیس دائرة‌المعارف بزرگ اسلامی، عضو شورای علمی این دائرة المعارف بوده و مقالات متعددی از ایشان در این دائرة‌المعارف به چاپ رسیده است.
در اسفند ???? در پی سخنان محمد مجتهد شبستری در انجمن اسلامی دانشگاه صنعتی اصفهان، سایت آینده متن کامل سخنان و فایل صوتی بخشی از پرسش و پاسخ را که برخی خبرگزاری آن را توهین به پیامبر ارزیابی کرده اند منتشر کرد.
- ترجمه پژوهش‌هایی درباره قرآن و وحی نوشته صبحی صالح
- سه گونه قرائت از سنت در عصر مدرنیته (قسمت دوم کتاب سنت و سکولاریسم نشر:صراط ????)
- هرمنوتیک، کتاب و سنت ؛انتشارات طرح نو، ????
- ایمان و آزادی ؛انتشارات طرح نو، ????
- نقدی بر قرائت رسمی از دین
- تأملاتی در قرائت انسانی از دین
